Действие происходит спустя 2 года после первого сезона «Наруто», однако не с самого начала, а с конца манги. Битва Учих заканчивается так же как и в манге. Якобы смертью Итачи, а Саске попадает к Мадаре, но оказывается, что Итачи на самом деле не умер, а всё что сказал Мадара Саске о его жизни, оказалось не правдой, просто он хотел использовать Хеби в своих целях. Саске и его команда решают разрушить Коноху, Зетцу возвращается в логово и рассказывает Лидеру, что Итачи мёртв. Тем временем, Конан узнает, что Учиха старший действительно жив, и вобщем-то тоже сообщает об этом Лидеру, они втроем держат это в тайне. Так как Лидеру надоела власть Мадары, и он хочет его свергнуть, поэтому он договаривается с Итачи, что тот поможет ему свергнуть Мадару в обмен на полную власть над Конохой, когда они её завоюют. Но, их троих для этого не достаточно. Поэтому Итачи, Конан и Лидер направляются на поиски всех убитых ранее Акацуков, и оживляют их с помощью уникальной техники Лидера, но всех вновь живых Акатцуки вербуют против Мадары и втайне от него. Также они заключают тайный договор с Кабуто против Конохи. Тем временем в Кири, Забуза и Хаку каким-то чудом оказались живы, они набирают себе силы что бы свергнуть Мицукаге, но несчастные ещё не знают, что правитель Селения Скрытого Тумана на самом деле Мадара, поэтому развязав с ним бой попадают в ловушку, и им приходиться работать на Мадару, против их воли. Чему как Забуза, так и Хаку крайне противятся. В Суне в плену находится Пятёрка Звука, дело в том, что ниндзя Селения Скрытого Песка забрали себе на исследование как бы «тела убитых Звуковиков», но подчиненные Орочимару оказались живы все до единого, и сейчас, находясь в Суне, планируют побег. Тем временем в Конохе, для того, что бы защитить Джинчурики придумывают свой план. Все самые сильные команды направляют на охрану оставшихся носителей хвостатых. Наруто, оставляя все дела Хокаге на долю Цунаде,  собирает команду(Сакура, Сай, Какаши, Ямато, Хината, Неджи и Шино), и они отправляются  искать логово Акатцуки, что бы уничтожить их самостоятельно, что бы защитить Коноху от нападений этой организации. У Конохи и Акацуки под властью Мадары развязывается война, а так же в войну вовлечены Ото и Суна. Мадара и Кабуто подписывают мирный договор на время между собой, однако, каждый из них не собирается выполнять условия этого договора и после победы над Конохой планируют предать друг друга. Также с Мадарой заключает договор Райкаге и Кумогакуре выступает на стороне Акатцуки.  Суна же принимает сторону Конохи. Гаара также собирает свою команду и отправляется навстречу Наруто. Также к альянсу Суна-Коноха присоединяется один единственный представитель Ивагакуре, как в последствии оказывается, этой личностью оказывается Микото(Тсучикаге).  На пороге Четвертая Тайная Мировая Война Шиноби, чем она закончится, неизвестно…